巧克力囊肿治疗,可以采用药物或手术方法治疗,迄今为止,除根治性手术外,还没有一种理想根治方法,无论是药物治疗或是保守性手术治疗,都有相当高复发率。应该根据患者年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求,患者主观愿望等因素加以选择。强调个体化治疗,主张选对药物积极治疗,并结合密切随访复查,注意
卵巢囊肿性质变化,症状轻或无症状轻微病变患者选用期待疗法。有生育要求轻度患者明确诊断以后先行药物治疗,病情重者行保留生育功能手术。年轻但无生育要求重症患者,可行保留卵巢功能手术,并辅以药物治疗,症状及病变均严重无生育要求患者可以进行根治性手术。手术方法有开腹手术和
腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病最佳处理方法,目前认为以腹腔镜确诊加手术以及药物为内异症治疗金标准。