大家都知道治疗感染性疾病要使用抗感染药物，
抗生素是最常用的抗感染药物，对于细菌、
支原体、螺旋体等微生物有效。支原体肺炎是由支原体感染所导致的，由于这种病原体没有细胞壁结构，作用于细胞壁的常用抗生素，如
青霉素或头孢对支原体感染是没有效果的。但红霉素、阿奇霉素可以直接作用于病原体的细胞膜、细胞质，所以这两个药物是目前治疗支原体肺炎很有效的抗生素。以往氯霉素和四环素也曾经被用来治疗支原体肺炎，但由于这些药物对儿童副作用是很强的，所以近年来已经不再使用了。但要注意任何抗生素长期应用都存在耐药的问题。当孩子对红霉素或阿奇霉素耐药时，常常可以替换为克林霉素、林可霉素、氯林可霉素。其他的口服药如磺胺类或喹诺酮类药物，临床上发现对支原体肺炎也有治疗效果，但同样是对儿童副作用较大，一般也不建议使用。
