卡氏肺囊虫肺炎多数情况下可以治愈，治疗方式主要有药物治疗、支持治疗、免疫调节治疗、预防性治疗。
1、药物治疗：
使用复方磺胺甲噁唑、喷他脒、克林霉素联合伯氨喹等药物进行抗感染治疗，需根据患者免疫状态调整疗程。
2、支持治疗：
对于重症患者需给予氧疗、机械通气等呼吸支持，同时纠正水电解质紊乱和营养不良。
3、免疫调节治疗：
艾滋病合并感染者需进行抗病毒治疗以重建免疫功能，其他免疫抑制患者需评估原发病用药方案。
4、预防性治疗：
HIV感染者CD4细胞计数低于200/μL时需长期预防性用药，造血干细胞移植后患者也需定期预防。
早期规范治疗预后较好，但免疫功能低下者可能复发，需定期随访监测并保持均衡饮食增强体质。
