很多疾病都可以引起排便时肛门疼痛。首先见于肛裂，由于排便时大便的干结使肛管撑裂，反复的肛管撕裂形成的炎性溃疡，导致的肛裂，这种情况也是最常见的，导致排便时肛门疼痛的疾病。肛裂的临床的症状就是出现排便时周期性的肛门疼痛，排便时会出现肛门疼痛，排便以后会出现一个短暂的疼痛间歇期，随后又会出现一个非常长的疼痛持续期，可以持续几个小时，甚至一整天都会出现疼痛。这种情况疼痛是非常剧烈的，病人对于排便时的疼痛是非常恐惧的，所以会形成一个恶性的循环，越是疼痛越不敢排便，越排便时越会出现疼痛，肛裂会进一步的加重。另外，肛门周围的感染性疾病，比如肛窦炎、肛周脓肿等，也会引起排便时肛门疼痛。肛窦炎、肛周脓肿，排便时由于粪便的刺激，压迫肛门的肛门腺体或者是肛周感染的脓肿，会引起排便时剧烈的疼痛，也会因此而恐惧排便。
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