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衣原体感染多数情况下不严重，但可能引发尿道炎、宫颈炎、盆腔炎等并发症。衣原体感染严重程度与感染部位、免疫状态、是否及时治疗等因素有关。
泌尿生殖道衣原体感染早期可能仅表现为轻微尿频或分泌物增多，可通过多西环素、阿奇霉素、左氧氟沙星等抗生素治疗。
未经治疗的生殖道感染可能上行导致盆腔炎，伴随下腹痛、发热，需联合头孢曲松与多西环素治疗，严重者需住院静脉用药。
孕妇感染可能引发早产或新生儿结膜炎，建议妊娠期使用阿奇霉素，分娩后需对新生儿进行预防性红霉素眼膏治疗。
鹦鹉热衣原体可能导致肺炎伴高热头痛，需检测血清抗体并延长抗生素疗程，重症可出现呼吸衰竭等危及生命情况。
确诊衣原体感染后应避免性接触直至治愈，性伴侣需同步治疗，日常注意个人卫生并增强免疫力。
