卵巢囊肿是否会自己消失主要根据情况而定，卵巢囊肿分为两种情况，一种是生理性，还有一种是病理性的囊肿。生理性的囊肿判断黄体或者滤泡，在发育过程中的滤泡是正常的，滤泡是软泡的表现，到了黄体期以前，排卵期以后，滤泡会自然消失，从时间上月经的第一天开始，到了月经中间是排卵期，排卵期以后，滤泡基本上就会消失，变成了黄体。病理性囊肿就是卵巢肿物为良性时的上皮性肿物，是不正常，不会随着月经周期而改变或消失的疾病。生理性囊肿一般2、3公分不会超过4公分，病理性囊肿会随着时间的延长，越长越大，若超过了4公分，每个运行周期以后都存在，不随着月经周期而改变的囊肿，需要干预或者物理性的穿刺，或者是手术的切除或剔除。
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