流行性乙型脑炎临床上急起发病，有高热、意识障碍、惊厥、强直性痉挛和脑膜刺激征等，重型孩子病后往往留有后遗症。一、支气管肺炎：多见于重型患者，在咳嗽及吞咽反射减弱或消失及昏迷患者，易发生肺炎。呼吸道分泌物不能顺利排出时可引起肺不张。二、口腔感染：不注意口腔卫生及不进行口腔护理的患者可发生口腔溃疡。三、其他感染：金黄色葡萄球菌所致败血症和肠炎，大肠杆菌所致泌尿系统感染等。四、褥疮：较长时间卧床的患者，如不注意经常变换体位，易在枕骨后及腰骶椎部位发生褥疮。明显后遗症常见于重型和暴发型孩子，约有5%~20%。神经系统后遗症常见失语，其次有肢体强直性瘫痪、扭转痉挛、挛缩畸形、吞咽困难、舞蹈样运动和癫痫发作等。也可有植物神经功能失调，表现为多汗和中枢性发热等。精神方面的后遗症有痴呆、精神异常、性格改变和记忆力减退等。
