慢性扁桃体炎可以有多种并发症，如炎症向邻近器官蔓延感染侵入扁桃体周围间隙及附近器官则可并发下列局部并发症，如扁桃体周围炎及脓肿、中耳炎、鼻窦炎、咽后壁脓肿、喉炎、颈部淋巴结炎。全身并发症偶可引起败血症或远处器官感染。或引起风湿热、风湿性心脏病、关节炎、肾炎等疾病。要防止并发症的发生必须积极治疗原发病。慢性扁桃体炎多由急性扁桃体炎反复发作或因扁桃体隐窝引流不畅，窝内细菌、病毒滋生感染而演变来。这些积存的细菌不断分泌毒素，并经过腺窝周围的血管网传播到全身。因而扁桃体成为不少全身性疾病如风湿热、肾炎等的病灶，这也正是其危害所在。健康人扁桃体所带菌种与季节有关：乙型溶链带菌率冬季大于夏季，冬季以流感杆菌为多,夏季以副流感杆菌为多。
