甲型H1N1流感的诊断，主要依据患者的临床症状和实验室的相关检查。临床症状在不同人群中表现并不是完全相同的。成年人主要表现为发热、头痛、肌肉疼痛和全身的不适，患者的体温可以达到39-41°，可以伴有畏寒、寒战、全身肌肉关节酸痛、乏力、食欲减退等全身症状。而儿童的话，常常表现为突然发病，除了高热症状以外，儿童的消化道症状要比成年人明显、多见。婴幼儿流感的症状往往不太典型，而新生儿流感比较少见，因为流感是传染性的疾病，新生儿很少外出，被传染的几率相对比较低。但是，如果新生儿出现流感的话，常常会合并肺炎、脓毒血症，表现为嗜睡、拒绝吃奶、呼吸暂停等症状。实验室检查方面，流感患者会出现以下表现：第一个流感病毒核酸检测阳性。第二个流感病毒分离培养阳性。第三个急性期和恢复期，双份血清的流感病毒特异性lgG抗体水平≥4倍升高。以上的临床症状，加上三个实验室检查中任何的一个出现阳性，都可以确诊甲型H1N1流感。
