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经颅磁刺激的效果因人而异，主要取决于治疗目标、个体差异及疾病类型。经颅磁刺激可用于抑郁症、焦虑症、慢性疼痛等疾病的辅助治疗，部分患者症状改善明显，部分患者可能效果有限。
经颅磁刺激通过磁场作用于大脑特定区域，调节神经活动，改善抑郁症患者的情绪低落、兴趣减退等症状。部分患者在治疗2-4周后情绪逐渐减轻，睡眠质量提高。对于慢性疼痛，经颅磁刺激可能缓解神经性疼痛，减少止痛药物依赖。焦虑症患者经过多次治疗后，紧张、恐惧感可能有所减轻。部分难治性癫痫患者通过低频经颅磁刺激，发作频率可能降低。帕金森病患者可能观察到运动迟缓、震颤等症状的暂时改善。
部分患者对经颅磁刺激反应不佳，可能与治疗参数设置、个体神经可塑性差异有关。少数患者可能出现头痛、头皮不适等不良反应，通常较轻微且短暂。某些神经系统疾病如脑肿瘤、严重脑血管病变患者不适合接受经颅磁刺激。治疗期间偶见耳鸣、面部肌肉抽搐等情况，多数在调整参数后消失。对于药物难治性精神疾病患者，经颅磁刺激的效果可能不如预期显著。
进行经颅磁刺激治疗前需完善脑电图、核磁共振等检查排除禁忌证。治疗期间应保持规律作息，避免过度疲劳影响疗效。治疗后出现持续头痛、眩晕等不适应及时告知医生。日常可配合认知行为治疗、适度运动等综合干预措施。治疗结束后仍需定期复诊评估效果，根据医生建议决定是否需要维持治疗。
