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脑磁共振和脑CT在成像原理、适用场景及检查侧重点上存在明显差异。脑CT利用X射线快速成像，适合急诊排查出血、骨折等；脑磁共振通过磁场和射频波显示软组织细节，更擅长诊断肿瘤、炎症及神经系统病变。
脑CT检查时间短，通常5-10分钟即可完成，对急性脑出血、颅骨骨折等病变敏感度高，图像呈现为断层黑白影像，钙化灶显示清晰。检查过程中需接受少量电离辐射，体内有金属植入物者通常可安全进行。设备普及率高，费用相对较低，但软组织对比度有限，后颅窝区域易受骨影干扰。
脑磁共振无电离辐射，采用多序列多参数成像，可区分灰白质、检出微小病灶，对脑梗死6小时内改变比CT更敏感。检查需30-60分钟，要求患者保持静止，对幽闭恐惧症者可能造成不适。强磁场环境禁止携带金属物品，心脏起搏器患者禁忌。功能磁共振还能评估脑区活动，血管成像无须造影剂即可显示脑血管形态。
选择检查方式需结合临床需求，突发头痛伴呕吐优先CT排除出血，癫痫持续状态建议磁共振寻找病因。两种技术互补而非替代，复杂病例常需联合应用。检查前应告知医生病史、过敏史及体内金属物情况，儿童或不配合者可能需镇静处理。
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