胃食管反流病需要和很多疾病相鉴别诊断，患者表现为胃食管反流消化道内的症状，主要和胃炎、胃溃疡、胃癌以及食管癌、食管炎、发热食管炎进行相鉴别诊断；胸骨后患者表现为胃食管反流病消化道外的症状，如出现有咳嗽、胸闷、胸痛、胸骨后有梗塞感那么需要和心脏、心源性的疾病进行鉴别诊断，一般建议推荐，做心电图或者心血管进一步进行检查治疗和心绞痛、冠心病、心肌梗塞进行鉴别诊断。还有一些患者表现为咳嗽、咳痰、反复的哮喘，需要和呼吸道的疾病和过敏性的哮喘或者是其他器质性疾病引起来的呼吸道的肺炎症性的改变进行鉴别诊断；出现反复的咽喉部不适，需要和五官科的一些疾病进行鉴别诊断。
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