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AC流脑疫苗与乙脑疫苗的副作用程度因人而异，两种疫苗均可能出现轻微不良反应，严重副作用均较罕见。AC流脑疫苗常见局部红肿、低热；乙脑疫苗可能引发头痛、肌肉酸痛。具体反应与个体体质、接种状态等因素相关。
AC流脑疫苗主要用于预防A群和C群脑膜炎球菌感染，接种后常见注射部位疼痛、硬结或轻度发热，通常1-2天自行缓解。少数可能出现食欲减退、乏力等全身症状，极少数情况下可能发生过敏反应，如皮疹或呼吸困难。乙脑疫苗针对日本脑炎病毒，接种后部分人群会出现注射部位红肿、发热或头痛，全身反应如恶心、肌肉酸痛相对多见，但多数在48小时内消退。严重神经系统反应如脑炎或吉兰-巴雷综合征极为罕见，与疫苗的关联性尚未完全明确。
两种疫苗的副作用差异主要体现在反应类型和持续时间上。AC流脑疫苗的局部反应更突出，而乙脑疫苗的全身症状稍多。从严重程度看，两者均属于安全性较高的疫苗，严重不良反应概率均低于万分之一。特殊人群如免疫缺陷者、孕期女性接种前需医生评估，过敏体质者需警惕速发型过敏反应。接种后应留观30分钟，出现高热或持续不适需及时就医。
接种后建议多饮水、避免剧烈运动，观察体温变化。若局部红肿可用冷敷缓解，发热超过38.5℃可遵医嘱使用退热药。两种疫苗的常规接种程序不同，AC流脑疫苗通常在6月龄后接种，乙脑疫苗在8月龄起始接种，需按国家免疫规划完成全程接种以获得充分保护。
