法布里病的发病机制是α-半乳糖苷酶A编码基因发生突变或缺失，引起体内α-半乳糖苷酶A部分或全部缺失,使该酶底物-糖鞘脂类、特别是三聚己糖神经酰氨不能分解，进行性的在肾脏、心血管系统、神经系统等部位堆积，进而引起多个系统脏器的损害。本病的遗传方式为x连锁遗传，编码α-半乳糖苷酶A的GLA基因有7个外显子组成。目前7个外显子内均有突变的报道，总数已超过500种，其中55%为错义突变，其他尚有无义突变、部分碱基缺失、插入突变等，尚未发现热点突变。GLA基因的突变主要分为两类：①位于酶活性位点或邻近部位直接影响酶的活性；②远离活性位点，主要通过影响酶的折叠，从而影响酶的稳定性或转运等。
